中学1年から高卒生までを対象とする。「東大マスターコース」という名称から、予備校の1コースと認識されかねないが、この名称が予備校の名称であり、京大・東大の受験指導を中心に、一橋大学、東京工業大学などの最難関国立大学、国公立・私立の医学部、早慶などの難関大学対策の講座が開講されている。Z会の本業である通信教育のノウハウを応用するが、独自のテキストを編集し主に少人数指導を展開する。大手予備校と比較すると規模の点で劣るが、英語における教師陣の充実は著しく、例年の講習の定員締切状況などから判断すると、柳瀬晃、鈴木正人、中村正寿、柿崎理の4人が生徒から人気を得ていると言える。中でも柳瀬晃講師の指導力は突出している。また大手予備校と掛け持ちする講師も多く、講師自身のスタイルで授業を展開している。
2005(平成17)年、本部を恵比寿から神田に移転、現在、本部に付設する御茶ノ水教室のほか、首都圏全5教室で指導が展開されている。関西地区のZ会マスターコースと指導形態・経営陣が異なるため、同じ予備校とは必ずしも言えないが、東大マスターコースから関西地区への講師派遣は行われている。
2008(平成20)年ena大学受験部を学究社から譲り受けZ会enaと改称、2009(平成21)年から最難関医学部専門塾としてスタートした。また、2008(平成20)年から東京・横浜地区以外の塾・予備校とフランチャイズ契約を結び、東大をはじめとする難関大学志望者対象の授業をおこなっている。
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