麻薬取締官は麻薬及び向精神薬取締法(以下、麻向法)により特別司法警察職員としての権限が与えられている。麻薬取締という危険な職務であるため、司法警察員麻薬取締官および麻薬取締員は全員が司法警察員であり、司法巡査の麻薬取締官および麻薬取締員は存在しない。としての職務を遂行する場合に限るが「小型武器での武装」(拳銃・特殊警棒等の携帯。拳銃の種類はニューナンブM60、ベレッタM85やコルト・ディティクティブスペシャルなど様々)が認められている他、警察官と同様の逮捕術の訓練も受けている。
また、薬物についてのみではあるが、おとり捜査を行うことができ、麻向法第58条にそれに関する規定がある。それによると、違法に流通している麻薬などを所持しても麻薬取締官及び麻薬取締員のみは処罰されない。
麻薬特例法に基づく麻薬を使っての泳がせ捜査や薬物の密売収益の没収等による首謀者や密売組織の摘発及び壊滅などを行っている。薬物犯罪に関するおとり捜査は麻薬取締官及び麻薬取締員のみに認められた行為であり、一般の警察官は行うことが出来ないただし、警察官及び海上保安官は銃器に関してのおとり捜査が認められている。。これは密売流通ルートを遡る為に必要な行為である。
その職務の性質上、麻薬取締員や警察とは密接な協力関係にあり、麻向法第56条でも協力関係が定められている。
麻薬取締官は、海外各国の捜査機関や各都道府県の麻薬取締員、警察、海上保安庁、税関、入国管理局などと連携して捜査に当っている。なお定員は2007年現在223人である。
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