「都道府県別市町村合併一覧」 長崎県
- 市町村数79（8市70町1村）→21（13市8町0村）
2004年3月1日
- 下県郡厳原町+美津島町+豊玉町+上県郡峰町+上県町+上対馬町=対馬市（新設/市制）
- 壱岐郡郷ノ浦町+勝本町+芦辺町+石田町=壱岐市（新設/市制）
2004年8月1日
- 福江市+南松浦郡富江町+玉之浦町+三井楽町+岐宿町+奈留町=五島市（新設）
- 南松浦郡若松町+上五島町+新魚目町+有川町+奈良尾町=南松浦郡新上五島町（新設）
2005年1月4日
- 長崎市+西彼杵郡香焼町+伊王島町+高島町+野母崎町+三和町+外海町=長崎市（編入）
2005年3月1日
- 諫早市+西彼杵郡多良見町+北高来郡森山町+飯盛町+高来町+小長井町=諫早市（新設）
2005年4月1日
- 佐世保市+北松浦郡吉井町+世知原町=佐世保市（編入）
- 西彼杵郡西彼町+西海町+大島町+崎戸町+大瀬戸町=西海市（新設/市制）
2005年10月1日
- 平戸市+北松浦郡大島村+生月町+田平町=平戸市（新設）
2005年10月11日
- 南高来郡国見町+瑞穂町+吾妻町+愛野町+千々石町+小浜町+南串山町=雲仙市（新設/市制）
2006年1月1日
- 島原市+南高来郡有明町=島原市（編入）
- 松浦市+北松浦郡福島町+鷹島町=松浦市（新設）
2006年1月4日
2006年3月31日
- 佐世保市+北松浦郡宇久町+小佐々町=佐世保市（編入）
- 南高来郡加津佐町+口之津町+南有馬町+北有馬町+西有家町+有家町+布津町+深江町=南島原市（新設/市制）
2010年3月31日
- 佐世保市+北松浦郡江迎町+鹿町町=佐世保市（編入）
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