軽トールワゴンの起源を探ると、1990年に三菱からミニカトッポが発売された。ミニカトッポはスズキがワゴンRを生み出すきっかけとなった車とも言われている。そのミニカトッポはミニカ（6代目）の派生車種として登場した。その最大の特徴は、ボンネット形状やメカニズムは当時の通常のミニカと共通であるものの、背の高いキャビンを与えたことで広い室内スペースを実現した点である。これは現在の軽トールワゴンとも共通する特徴である。但し現在の軽トールワゴンと違う点は、ボンネット形状が当時のミニカそのままにキャビンだけを上に伸ばしたような少々アンバランスなボディスタイルで、印象もワゴンというよりカーゴであった。ドアが左右のヒンジドア2枚＋バックドア1枚の計3枚しか備わってない点も現在の軽トールワゴンと異なっていた。座面の高さも従来の軽自動車と同等で、従来の2BOX軽自動車の概念を覆すに至らなかった。それと使い勝手の面もドアの枚数に限らず全体的に未成熟であった。とはいえミニカトッポは当初は他社に競合車種がなかった事もあり、割合売れたものの、大きな支持を得るには至らなかった。
軽自動車の主流が軽トールワゴンになるきっかけを起こしたのは、スズキ・ワゴンRである。1993年に登場したワゴンRは、ミニカトッポのように背高キャビンを備えるがアンバランスさは無く、整ったスタイリングで、乗り降りがしやすく後席の自由度も高かった。ドア数も当初は右側だけ後席ドアの無い4ドア車であったが、スクエアフォルムにより後部の積載能力も高く、4ドアという点も肯定的に受け入れられた。そしてミニカトッポ、さらにはそれまでの軽自動車の概念を覆したのは、その座面の高さにある。それまでの一般的なシートが座椅子だとすれば、ワゴンRのそれは完全に椅子であった。しかしこれによって、足を窮屈に前方に投げ出す必要がなくなり圧迫感もそれとともに軽減され、視点が高くなることにより眺望性・視認性が向上し開放感も増したことである。これらにより、それまでの乗用車にはない広々とした空間を創造した。その広さが消費者の支持を受けて、瞬く間に大ヒット車種となった。スズキはかつて1979年にアルトのヒットで軽ボンネットバンというカテゴリを切り開いた過去があるが、このワゴンRのヒットで、スズキは再び新たなるカテゴリの開拓に成功したことになる。そのような点からワゴンRはエポックメイキングな車だったといえる。現在も軽トールワゴンの元祖はワゴンRとする見方は非常に多い。それはこの車以前に存在したステップバンやミニカトッポとは違い、現在の軽トールワゴンの基本コンセプトを築いた点はもちろん、他メーカーが追随し競合車を多く発売するようになったきっかけを生んだ点が挙げられるからである。トールワゴンとは異なるカテゴリにおいてもこれらの手法を部分的に取り入れた車も登場するようになった点も考えると、それほどワゴンRが軽自動車市場のみならず、自動車市場全体に及ぼした影響は大きかった。
このワゴンRのヒットをまざまざと見せつけられた軽自動車業界第2位でスズキの最大のライバルであるダイハツは、それに対抗すべく1995年にワゴンRと同様のパッケージングを取り入れたムーヴを投入した。ムーヴは、販売台数でワゴンRを抜き去ることは出来なかったが（後の2003年にようやく販売台数逆転に成功する）、ダイハツの看板車種として、またワゴンRの最大のライバルとして成長していった。
ムーヴとワゴンRによって軽トールワゴンのカテゴリは大きく活気を見せ、その後、同カテゴリには1997年にホンダがライフを、1998年に、遂に三菱がかつてのミニカトッポのパッケージングを捨ててワゴンRのパッケージングを取り入れたトッポBJを投入し、主要なカテゴリとして完全に確立され、軽トールワゴンは軽自動車の主流となった。
スバルは自社の生産能力や規模の観点とヴィヴィオの後継モデルとの兼ね合いから、セダン（ハッチバック）系統にトールワゴンの性格を持たせたプレオで対応していた。他車より低めの車高を設定し、セミトールワゴンに分類されることもあるが、当初は車高を1575mmに設定されホンダ・ライフ（2代目・4代目）と同じ数値。、機械式立体駐車場に入庫できないため、これは大きな誤りであり、厳密なセミトールワゴンと言える機械式立体駐車場に入庫できる高さである1550mmのグレードが登場したのは2001年になってからのことである。しかし、2006年5月、新車種のステラを投入し、セダンの系統であるR2（2代目）と別れた。これで全ての軽自動車メーカーが軽トールワゴンに参入したことになる。また、スバル・360で「本格的な乗用車としての」軽自動車を完成させた元祖であるメーカーがカテゴリに参入したことにもなる。
その後も軽トールワゴンの軽自動車での主流の地位は揺るぎないが、各社軽トールワゴンカテゴリを1車種だけに留めなかった。スズキがワンモーションフォルムのMRワゴンを発売。さらにタント対抗のパレットを発売した。ダイハツは更なるキャビン拡大を図ったタントを発売した。さらにはワゴンRやムーヴなどの既存の車種においても、スポーティ仕様を追加するなどした。三菱は車高を低くし、立体駐車場に入る車高としたeKを発売した。eKは主婦層のセカンドカーを狙ったこのカテゴリでは長らく不在だった5速MT車を追加したり、軽自動車を持たなかった日産にオッティとしてOEM供給を行って、バリエーションと販売店を増やすことによって、コンセプトを変えた複数の車種を揃えて更なる消費者の取り込みを図っており、同カテゴリはますます広がりを見せている。ekシリーズ発売と同時にトッポBJも継続生産されたものの、結局は生産中止となってしまい三菱からは車高が1550mm以上ekアクティブを除く。の軽トールワゴンは2004年1月をもって生産を中止し、同社のekアクティブの発売に伴い同年4月をもって販売を終了し、三菱から軽トールワゴンのラインナップが途絶えていたが、2008年9月にトッポを発売し、軽トールワゴン市場に復活した。
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