「自衛隊」自衛隊関係者への人権侵害や運用面での阻害

上記のような憲法上の問題や旧軍との連続性への懸念などから、自衛隊は日本教職員組合（日教組）や日本共産党党員などの左翼勢力から、平和主義の敵として存在自体が憎悪されることとなった。そして、実際に自衛隊員の子供の学校入学拒否1972年1月、当時の外務大臣福田赳夫は関東地区の米軍基地を3年後に横田基地へ統合することを発表。1973年1月に日米安保協議会は立川基地を1976年に完全返還する決定を行った。これに先立ち、1972年12月に陸上自衛隊東部方面航空隊が移駐した際、立川市は自衛官（及び家族）の住民登録を拒否した（後に受諾）。住民登録が行えなかったため自衛官の子息は学校に入学することが出来なくなり、事実上の入学拒否（日本国憲法第26条に抵触）となった1972年、沖縄返還とともに自衛隊が移駐した沖縄県では、那覇市をはじめとする革新自治体が住民登録の一時保留などを行った。これにより、立川基地と同様に事実上の入学拒否となった。（→2004年9月22日）、教師による自衛隊員の子供へのいじめや差別（これらは警察官の子供に対しても行われることがあった佐々淳行著、文藝春秋刊『連合赤軍「あさま山荘」事件』）、自衛隊の公共施設使用に対する妨害や抗議cite web|url=http://www.y-mainichi.co.jp/news/2553/|title=市民会館使用許可で抗議自衛隊音楽会で九条の会【八重山毎日オンライン】|date=2005.10.29|accessdate=7月26日|accessyear=2007年

などのような、自衛隊員や関係者の人権を侵害する事件が起こっている。また、自衛隊という組織を犯罪者集団、自衛隊員という職業を賤しいものとする偏見が流布され、平成7年の阪神・淡路大震災や地下鉄サリン事件における自衛隊の活躍で下火になるまで長く続いた。中でも自衛隊員の配偶者や子供の中には差別を恐れ、配偶者や親の職業を隠さざるを得なかった事例がある。また、現在でも小中学校の社会科授業では日教組系列の教師により反自衛隊教育が公然と行われている学校も存在し、高校卒業時の進路指導でも自衛隊入隊を希望した生徒に対し入隊を辞退するよう説得する傾向も存在する。特に社会の授業に於いては自衛隊に関する部分の授業を行わなかったり、他国との比較の際に事実をねじ曲げた教育を行う教師も散見される。
災害地への派遣において、派遣先自治体の対応が遅れた事例を一部新聞が「（市長個人の）イデオロギーのために」「自衛隊を活用する気がなかったとしか思えない」と指摘したことがある平成11年6月23日から7月3日まで、九州から東北南部までを襲った集中豪雨災害。最も被害の大きかった広島県では、土砂崩れや土石流が多発して死者・行方不明者が31人に上った。6月29日の夕方から被害が拡大しはじめ、死者・行方不明者が続々と確認される中、20時の時点で自衛隊から広島県に対して災害派遣要請の必要性の確認が行われた。これを受け広島県は広島市の意向を確認したが、広島市は自衛隊の派遣は必要ないとして断っている。一夜明けた30日、被害はさらに拡大。結果、6月30日午前4時の時点で広島市は県へ災害派遣要請を行った。産経新聞は平成11年7月1日の記事で『秋葉忠利・広島市長は「何かできなかったかという思いはある。教訓として生かしたい」と述べたそうだが、冗談ではない。その能力を十分に持っている自衛隊を活用する気がなかったとしか思えない。自分のイデオロギーのために広島市民の生命をないがしろにした、重大なる「人災」と言っても過言ではないだろう』と批判した。この件では、広島市が対策に忙殺されており、広島県も災害対策本部の設置が遅れ、情報を消防庁に送ることが遅滞していたため、国土庁や官邸に連絡することが出来ないまま時間が経過していた。災害派遣要請の決め手となる被害地域の航空写真が広島市消防局長の手元に届いたのは30日午前零時であり、その4時間後には県知事に対して自衛隊派遣要請が行われている。（→平成11年6月23日から7月3日までの大雨による被害状況について（第47報）消防庁）（→県・広島市遅れた判断 1999年7月1日中国新聞朝刊）（→第145回国会災害対策特別委員会第6号平成11年7月22日（木曜日））。