「日米地位協定」裁判権

第17条3(a)により、米軍基地内における犯罪や米軍関係者間の犯罪はアメリカが優先的な裁判権を持つ。また、第17条5(C)により、日本で裁判を受けるべき被疑者であっても、アメリカが先にその身柄を拘束した場合、身柄が引き渡されるのは検察により起訴がなされた後である。このため、起訴までの間に充分な捜査ができない。更には重罪にも拘らず身内の行為として不当に寛大な処分がされる恐れさえある（→軍法会議#軍法会議の問題点）。1956年3月28日の日米合同委員会では、職場で飲酒した後の帰宅途中に事件事故を起こしても「公務中」とみなす取り決めがされていた事が判明した。
これが如実に現れたのが1974年の「伊江島住民狙撃事件」である。当初、在沖米軍は容疑者の“公務外”を認め、日本に一次裁判権を譲ったが、直後に国務省・国防総省の強い反発と突き上げを受け、事件の概要を改変してまで急遽公務証明を発給し、日本外務省の抗議の中、一次裁判権を強引に移管させた。国務長官緊急電の『国務省・国防総省共同メッセージ』はその理由を「米国内の事情」と「もし裁判権を行使し損なったら、その影響は米国が他の国々と結んでいる一連の地位協定にまで及び、……米軍要員の士気にも及ぶ」ためであるとしている。
2002年6月に沖縄で、窃盗容疑で逮捕された整備兵が「急使」（米軍のクーリエ）の身分証を保持していたため、釈放され任意調べに切り替えられた事件が起きている協定のうち刑事裁判管轄権に関する合意事項第二の四：急使その他機密文書もしくは機密資料を運搬または送達する任務に従事する軍務要員は「その氏名及び所属部隊を確かめるという必要以上にいかなる目的のためにも身柄を拘束されることはない」などが記載された特別の身分証明書を支給される。この者が犯罪を犯し、日本側から要求された場合には、任務の終了後直ちに日本の法律執行機関に出頭する。。
2008年4月には、やはり沖縄・北谷町で、海兵隊憲兵隊が、万引きで店員に現行犯逮捕された海兵隊員の家族少年を、110番通報で駆けつけた沖縄警察署員の引き渡し要求を無視して身柄を拘束し基地内に連行（憲兵隊は「容疑者が暴れる恐れがあったため」と弁解している）、その後解放し任意調べにするという事態が起きた。沖縄署は「優先権侵害であり捜査妨害」と抗議している。
米国によれば、理由は日本の刑事司法制度の近代化がなされていないからである。すなわち、弁護士介在の制限、取り調べの可視化、代用監獄、自白の強要など冤罪事件の原因となっている問題の解決を日本政府が拒んでいるからである。