日本の近海では魚類は種類、数共に豊かで、三陸海岸沖から千島列島にかけては世界三大漁場の一つに数えられる。日本近海を暖流と寒流が流れ、これらの接点である潮境ではプランクトンが発生しやすいことや、周辺に広い大陸棚や多様で複雑な海岸を持つことなどが好条件となっている。河川は大陸に比べて規模が小さいため淡水魚の種は多くはない。古代湖である琵琶湖などには多彩な種が棲息するものの、アユ等の食用に供される種の人為的放流や外来魚の勢力拡大により、希少種の絶滅や淡水魚類相の激変が問題となっている。他方、雨量の多い気候のために河口域に汽水域が出来やすく、貝類も豊富である。
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