爬虫類・両生類はいずれも亜熱帯に種類が多く、日本では南西諸島に半分以上の種が集中する。これは島ごとの種分化が進んでいるためでもある。本土内では島ごとの種分化はさほど見られない。例外はサンショウウオ類で、南西諸島には見られないが、本土の各地方での種分化が進んでおり、多くの種を産することで世界的にも知られている。また、現存する世界最大の両生類であるオオサンショウウオは日本を代表する両生類として世界的に知られている。