日本は、アジア(ユーラシア大陸)の東方、太平洋の西部にある島国であり、4つの弧状列島(日本列島、千島列島、南西諸島、伊豆・小笠原諸島)から成り立っている。台湾の東方にある与那国島から、樺太の南方にある北海道までを領土としている。
北にオホーツク海、北西に日本海、南西に東シナ海、南にフィリピン海、東に太平洋と周囲をすべて海に囲まれ、日本海を挟んで大韓民国、朝鮮民主主義人民共和国(北朝鮮)、ロシア連邦、東シナ海を挟んで中華人民共和国、中華民国(台湾)、フィリピン海を挟んでフィリピン共和国と国境を接する。また、南方にパラオ共和国、小笠原諸島の延長線上にミクロネシア連邦があり、太平洋を挟んでアメリカ大陸がある。
全体的に弓形状になっており、全6,852島からなる国土面積は約37.8万km²(北方四島以外の千島列島、南樺太を除く)。領土の約70%が山であり、森林率は約67%である。周囲はすべて海であり、地上の国境線は実効支配領域においては無い。
本州と四国の間の海は特に瀬戸内海と呼ばれる。沖合を暖流の黒潮、対馬海流、寒流の親潮、リマン海流が流れる。
現在、ロシアとの間に北方領土(南千島列島を主とする。北千島列島・南樺太も含む場合がある)、大韓民国との間に竹島の領有問題がある。その他、近年になって尖閣諸島近海に地下資源が発見されて以来、中国が尖閣諸島の領有権を主張しており、台湾も中国に対抗して領有権を主張しているが、尖閣諸島発見以来日本が占有している。北方領土、竹島は現在不法に占拠されたままである。
日本列島の地形区分は地質構造を基準にして南西日本と東北日本に大別される。その境界線は本州中部を南北に縦断する糸魚川静岡構造線である。
列島付近ではユーラシアプレート、フィリピン海プレート、太平洋プレート、北米プレートがせめぎ合い、環太平洋造山帯・火山帯・地震帯と呼ばれる帯の一環をなしている。そのため地震が頻発し、世界全体で放出される地震エネルギーのうち1割から2割が日本周辺に集中すると言われている。そのため、震度1クラスや2クラスくらいの地震は日本のどこかで毎日のように起きている。また、火山活動が活発な事から、火山性土壌が多く、これが日本列島の地味を豊かにした面もある。また温泉が多い事も火山の恵みと言える。
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